В контекстном меню исполняемых файлов есть пункт Закрепить в меню "Пуск", который добавляет программу в фиксированный список данного меню. Также там могут находится две программы интернета и электронной почты (Пуск | Панель управления | Панель задачи меню "Пуск" | вкладка Меню "Пуск" | кнопка Настроить | рамка Отображать в меню "Пуск")
Для удаление данного списка из меню откройте раздел HKCUSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionPoliciesExplоrer и создайте DWORD-параметр NoStartMenuPinnedList со значением, равным 1. Также будет удален и пункт Закрепить в меню "Пуск" из контекстного меню программ.

Если вы хотите удалить список часто используемых программ кнопки Пуск, то откройте раздел

и создайте параметр типа DWORD NoStartMenuMFUprogramsListсо значением, равным 1.

Политика: Конфигурация пользователя → Административные шаблоны → Меню Пуск и панель задач → Удалить список часто используемых программ в меню "Пуск"

Если удалять данный список не входит в ваши планы, то можно указать список программ, которые не будут отображаться в нем. Для этого достаточно воспользоваться параметрами строкового типа в разделе HKLMSOFTWAREMicrosoftWindowsCurrentVersionexplorerFileAssociation:

AddRemoveApps

содержит список названий программ (перечисленных через точку с запятой), которые никогда не будут добавляться в список популярных программ;

AddRemoveNames

хранит список строк (перечисленных через точку с запятой). Если файлы содержат эти строки, то они никогда не будут добавляться в список популярных программ. 

Можно не удалять список часто используемых программ, а запретить отдельным программам попадать в этот список. Для этого откройте раздел HKCRApplicationsИмя_Программы.exe и создайте пустой строковый параметр NoStartPage.

Чтобы отключить всплывающие подсказки в меню кнопки, в разделе HKCRSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionPoliciesExplorer создайте DWORD-параметр NoSMBalloonTip со значением 1.

Отключить всплывающие подсказки можно через редактор групповой политики gpedit.msc (Конфигурация пользователя | Административные шаблоны | Меню Пуск и панель задач | параметр "Удалить всплывающие подсказки для элементов главного меню")

Чтобы удалить команду Восстановление системы из меню кнопки Пуск (Пуск-Все программы-Стандартные-Служебные), то откройте раздел

и создайте параметр типа DWORD DisableSR со значением, равным 1

Если вы хотите удалить команду Все программы кнопки Пуск, то откройте раздел

и создайте DWORD-параметр NoStartMenuMoreProgramsсо значением 1.

Политика: Конфигурация пользователя → Административные шаблоны → Меню Пуск и панель задач → Удалить список всех программ в меню «Пуск»

Если вы хотите удалить имя пользователя в кнопке Пуск, то откройте раздел

и создайте параметр NoUserNameInStartMenu типа DWORD со значением, равным 1.

Чтобы удалить пункт Мой компьютер и заблокировать соответствующий флажок в диалоговом окне настройки, добавьте параметр типа DWORD {20D04FE0-3AEA-1069-A2D8-08002B30309D} со значением, равным 1 в разделе

Чтобы удалить пункт Сетевые соединения, добавьте параметр типа DWORD NoNetworkConnections со значением, равным 1 в разделе

Чтобы удалить пункт Принтеры и факсы, добавьте параметр типа DWORD Start_ShowPrinters со значением, равным 0 в разделе HKCUSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionExplorerAdvanced Чтобы вернуть пункт обратно, используйте значение 1 (по умолчанию).
C помощью командной строки:

1. Запустите командную строку (CMD.EXE)
2. Введите команду одной строкой и нажмите Enter:
   REG ADD "HKCUSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionExplorerAdvanced" /V Start_ShowPrinters /T REG_DWORD /F /D 0
3. Перезагрузите систему

Без использования реестра: Правый щелчок мыши на кнопке Пуск - Свойства - вкладка Меню Пуск - кнопка Настроить - вкладка Дополнительно - список Элементы меню "Пуск". Снимите в этом списке флажок с пункта Принтеры и факсы.